La chromatographie est une technique de séparation analytique et préparative essentielle dans l'industrie du CBD. La chromatographie liquide haute performance (HPLC) est la méthode de référence pour quantifier les cannabinoïdes dans les fleurs, huiles et extraits de CBD, conformément aux normes de l'AOAC (Association of Official Analytical Chemists) et de la Pharmacopée Européenne.
La chromatographie préparative (flash chromatography, CPC - Centrifugal Partition Chromatography) est utilisée pour isoler le CBD pur (>99 %) ou séparer les cannabinoïdes mineurs (CBG, CBN, CBC) des extraits bruts. La CPC est particulièrement adaptée à la séparation de cannabinoïdes car elle n'utilise pas de phase stationnaire solide (pas de perte d'échantillon par adsorption irréversible). Les colonnes HPLC C18 avec des phases mobiles acétonitrile/eau sont le standard analytique pour le profiling cannabinoïde.