Le test mycotoxines vérifie l'absence de toxines produites par des moisissures (Aspergillus, Penicillium) qui peuvent contaminer le chanvre lors de la culture, du séchage ou du stockage. Les principales mycotoxines recherchées sont les aflatoxines et l'ochratoxine A.
Les aflatoxines sont classées cancérigènes du groupe 1 par le CIRC (OMS). Le règlement UE 2023/915 fixe des limites strictes. Un séchage rapide et un stockage dans des conditions d'humidité contrôlée (<60% HR) sont les meilleures préventions.